Si les événements les ont par moment séparées, les deux villes de Seyssel restèrent longtemps unies par la vie religieuse dans l’unique église sur la rive gauche du Rhône.

En 1823, lorsque Seyssel Ain fut rattachée au diocèse de Belley, il fut décidé de bâtir une église sur la rive droite, en bordure de la place Gambetta (place de l’Eglise), sur l’emplacement d’une partie du cloître de l’ancien couvent des Augustins
Achevée en 1831, elle se révéla trop petite et fut démolie en 1899 pour être remplacée par l’église actuelle en 1901.
Elle est orientée vers l’ouest et s’ouvre sur la place.
Son architecture n’a rien de remarquable : son portail est entouré de pierres de Seyssel, à l’intérieur, une nef principale séparée de deux nefs latérales par de hautes colonnes. Les murs de l’abside sont joliment décorés de motifs au pochoir : épis et grappes au fond, ceps de vigne sur les côtés, réalisés par Francis MONTANIER artiste natif de Seyssel du début du XXème siècle.
Les vitraux intéressants concernant le dernier passage de Saint François de Sales à Seyssel :
Dans le chœur : Saint François, parrain d’un enfant de Seyssel ; Saint François s’embarque pour Lyon ; Saint François bénit de sa barque la foule restée sur la rive :
Dans le transept de droite : Saint François arrive à Lyon ; Saint François dans la chambre mortuaire, les notables de Lyon autour du cercueil
Dans le transept de gauche : le clergé et les notables de Seyssel reçoivent le corps de Saint François ; arrivée du cercueil à Annecy ; les visitandines reçoivent la dépouille de Saint François.
Sur l’autel latéral de droite : « Notre Dame du Pont », une Vierge noire vénérée jusqu’à la Révolution dans la chapelle construite sur la pile du pont suspendu. Elle aurait été rapportée d’Orient par des croisés originaires de Seyssel ou par le Comte Amédée VI de Savoie.
Saint François de Sales est le patron de la paroisse.
Cette église a fait l’objet d’une restauration en 1995.

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